Как правильно оформить документы на скважину, которая получилась на соседнем участке?

что ж вы так промахнулись то? жаль теперь правда проблема организовалась(((

Если Ваш участок уже промежован и сведения внесены в ГКН- можно внести изменения в сведения кадастра, преподнести это, как исправление техошибки, при условии согласования со всеми смежными и заинтересованными лицами.
Если Вы еще не проводили межевание, то просто «захватите» площадь скважины и уточните границы, также, со всеми согласовав.
Эти варианты могут быть неисполнимы, если сосед уже провел межевание. Тогда Вы можете с ним «перераспределить» этот кусок земли, и внести изменения в ГКН.
Если и тот, и другой, и третий способы, по каким-либо причинам невозможны, то можно:
Оформить Сервитут ( право пользования чужим земельным участком)- составляется соглашение с собственником того участка, на котором Вы пробурили скважину;
Взять в аренду;
Выкупить.
Во всех без исключения вариантах требуется согласие заинтересованных лиц и работа кадастрового инженера.