Опасны ли почвенные червячки под вишней? Как от них избавиться?

Ничем обрабатывать не надо, это естественная составляющая почвенной фауны, которой преющие листья создали оптимальные условия.
Скорей всего это какие-то энхитреиды, черви из того же класса Олигохет, что и дождевые черви. По способу питания и хозяйственному значению аналогичны последним, то есть полезны.
Даже если это и личинки двукрылых( мух/комаров), беспокоиться не стоит, живущие в таких местах виды также питаются исключительно мертвой органикой, успешно перерабатывая её.

В почве живет целый животный мир. Мы его не видим, не знаем. А когда сталкиваемся — удивляемся. А он в целом полезный, хотя и выглядит странно, инопланетно. Удачи.

Солласен с Бароном и Василием. Насекомые, черви, и другие «странные» это другой мир, лишь частично открытый для нас. Думаю убрав листья из под дерева, Rochsanna, Вы нанесли этим животинкам гораздо больший вред, чем они могли навредить Вам. Вас они только напугали, а Вы лишили их крова и пищи, и уж точно испугали их гораздо больше.