Особенно эффективно шалфей мускатный применялся при лечении женского бесплодия.
В настоящее время его используют как противовоспалительное, антисептическое, успокаивающее, спазмолитическое, мочегонное, кровоостанавливающее, отхаркивающее, вяжущее, ранозаживляющее средство.
У женщин с нарушенным менструальным циклом способствует его восстановлению, снимает болевой синдром. Во время климакса успокаивает внезапные приливы жара, потение, успокаивает нервы. Эффективно при молочнице и генитальном герпесе.
При мышечных, ревматических, невралгических болях облегчает состояние больного. Массаж с маслом шалфея мускатного поможет и при мышечных спазмах, в том числе во время менструации.
Настой и отвар надземной части растения в стоматологии применяется при кариесе, пульпите, периодонтите, катаральном гингивите, экстракт травы – наружно в комплексном лечении псориаза.
Сокращает выпадение волос.
Аромат масла этого вида шалфея – сильный, свежий, орехово-травяной, чуть древесный. Вдыхание этого аромата помогает успокоиться, избавиться от чувства тревоги, повысить настроение, стимулировать умственную и творческую деятельность.