Как минимизировать негативное влияние плодовых деревьев друг на друга?

Светлана, покажите свою черешню, состояние листьев, ягод. Облетающие «чернеющие» ягоды. Может быть это просто грибная болезнь, или неполное опыление.
Что до взаимного угнетения деревьев, то главное не вид или порода дерева, а достаточное жизненное пространство и хороший уход. Деревья всегда конкурируют и сражаются друг с другом за место, солнце и питание. Наша задача помешать им в этом правильно выбрав схему посадки, обрезая пересекающиеся кроны, подкармливая из в соответствии с фенологическими фазами, защищая от болезней и вредителей.
У меня в саду непосредственной близости растут груша, несколько яблонь, ель, вишня, 2 черешни, абрикоса, персик. всем хватает и питания и света. И это при условии, что нормальная почва от поверхности всего на 30-50 см., а дальше голый песок.

"… рядом с ней на расстоянии 3 м растут..." — это очень маленькое расстояние.
Даже 6 м не всегда достаточно. Зависит от сорта деревьев.

«Плоды завязались на черешне превосходно. Но сейчас стали усыхать и темнеть» — это недостаточное количество информации, чтобы понять ситуацию.