Мне кажется, что место прививки у яблони коротковато. И в полутора сантиметрах внизу ростки. Что с этим делать?

Ниже прививки ростки удалить, если саженец живой. Саженцы обычно прививают окулировкой, т.е. одной единственной почкой и далеко не у всех саженцев это место можно сразу определить.
То, что место прививки сразу же над землей — исключительно из-за заглубления саженца. Но не переживайте. Подвой скорее всего был клоновый, из черенка. Поэтому корневой шейки у него нет и проблем не будет. И заглубить его могли специально — чтобы было меньше поросли подвоя.

Этот саженец возможно прививали черенком. Я работал на прививке. Дадут толстый черенок, а растения привои в школке тощие. Вот и прививаешь у самой земли.
А так уважаемый Андрей все верно написал, убрать поросль. Как то так. Удачи.