Бурые пятна на кактусе. Что это может быть такое?

Ксения, подозреваю что это следы деятельности паутинного клеща. Посмотрите повнимательнее не видна где тоненькая паутинка?

Да, это может быть результат деятельности красного паутинного клеща. При нем растения вначале промывают под струей воды, а потом опрыскивают раствором эфирсульфоната (1-1,5 г на 1 л воды) или тиофоса (10-15 капель на 1 л воды). Такие опрыскивания убивают не только клеща, но и его яйца. Неплохие результаты даёт опудривание растения порошком серы. Уничтожить вредителя помогают пары эфира, дихлофоса или скипидара, для чего растение помещают на 24-48 часов в плотно закрытую банку (или надевают полиэтиленовый пакет) с ваткой, смоченной каким-либо из этих веществ. Можно применять и другие соединения серы или фосфора (цветофос, карбофос и др.). Рекомендуется, примерно, 1 раз в 3 месяца делать профилактические опрыскивания, но нельзя сильно заливать растения этими препаратами.
Но это может быть и пятнистость, вызванная болезнетворными микроорганизмами или вирусами. Они поражают, как правило, растения, ослабленные неблагоприятными условиями содержания. На вид ваша опунция вполне здорова (кроме этих пятен). Но мне не нравится на вид почвенный субстрат в горшке и вид 1-го нижнего сегмента. Возможно это такой ракурс, но при рассмотрении последнего создается впечатление, что он какой-то ущербный, как это бывает при переливах.
Эти пятнистости не убрать. Следите за появлением новых. Если таковые будут и далее проявляться, то вам надо будет обработать опунцию препаратом фунгицидного действия. И, конечно же, важно поддерживать оптимальные условия содержания.