У мандарина на стволе корни. Это нормально или нет?

Если мандарин привитый, а он вероятнее всего привитый, то наличие этих корешков вполне допустимо. Потому что часто прививают на укоренившийся черенок. А могли и просто черенок укоренить. В обоих случаях это не сеянец.
Судя по стволу, деревце уже не молодое, а горшок мелковат. Поэтому корни начинают его выталкивать, ибо тесно им. Пересадите деревце в посудину побольше. И можно на пару сантиметров заглубить. А чтобы не размывать корни при поливе, можно замульчировать, например кокосовой койрой.