Как лучше опрыскивать водой рассаду петунии - поверх или под корень?

Лучше, чтобы вода на листья не попадала.

Зачем опрыскивать? Лучше все-таки поливать, но аккуратно — тоненькой струйкой. И не под сам корень, а в междурядья. Можно взять небольшую пластиковую бутылку, проделать в крышечке дырочку диаметром 4-5 мм и поливать прямо по «дорожкам» между сеянцами. Так убережете стебли и сами молодые розетки от загнивания и болезней и улучшите корневую систему, которая будет развиваться вширь.

Или можно поливать, как мини- и микромини-фиалки — из аптечной маленькой спринцовки

Такие петуньки уже стоило бы рассадить по отдельным стаканчикам. А стаканчики удобно ставить в глубокий поддон и поливать через него. Главное — следить, чтобы вода в поддоне не застаивалась, излишки нужно сливать. Хотя у моих петунек излишков обычно не бывает — выпивают все до капли
Опрыскивание — точно не вариант. Оптимальное решение для молоденьких сеянцев подробно описала Алла. Но Ваши петунии уже выросли, в такой емкости им тесно — у этих растений быстро нарастает корневая система, им требуется большой объем почвы.