Можно ли использовать навоз, если в нем завелись кивсяки? Нужно ли с ними бороться?

Вспышки численности, когда кивсяки становятся проблемой не исключены, конечно, но относительно маловероятны. Я лично никогда с этим не сталкивался, хотя многоножки — непременный компонент фауны нашего огорода( огородов). Вреда от них не замечал, скапливаются они обычно на загнивших в почве корне/клубнеплодах, особенно на картошке. Не думаю, что причиной гнили служат именно они, наверняка просто воспользовались моментом чтоб нажраться от пуза разжижающимися тканями растений.
Дереву они и подавно вреда не принесут.

Бактериальные препараты, как правило, не уничтожают вредителей на 100% и требуют очень точного соблюдения рецептуры. Не в плане опасности передозировки, а из-за того, что незначительное отклонение от оптимальной температуры раствора или рекомендованной для применения погоды сводят эффект на нет. К тому же никогда нет гарантии, что споры бактерий жизнеспособны — мало ли что с ними могла произойти по пути от биореактора до аптечки садовода, споры хоть и устойчивы ко внешним факторам, но не бессмертны.