Проблемы при монтаже крыши. Посоветуйте, как теперь быть?

Да, Любовь, немного вы поторопились с обрешеткой. Но случай у вас вполне ремонтопригодный, надо выбрать один из вариантов. Кстати, вы совершенно правильно думаете, хотя в письме это не написали, что между нижней поверхностью металлочерепицей и гидрозащитной пленкой должен быть воздушный слой для удаления конденсата, образующегося на внутренней поверхности металлочерепицы.  Если бы этого не знали, то и положили бы кровельное покрытие поверх пленки. Итак, вижу два варианта. Один — вандальный, другой — несколько затратный.
Первый вариант — снимаете уже приколоченную добротными гвоздями обрешетку. Будьте осторожны, когда будете отдирать бруски от стропил — чтоб не упасть с высоты.
Второй вариант — накупаете новых брусков для выполнения контробрешетки. Это как-раз новые затраты. По имеющейся обрешетке фиксируете гидроизоляционную мембрану. Это легко делается строительным степлером. Если нет у вас в хозяйстве — приобретите, ему всегда найдется дело. А по пленке выполняете контробрешетку, тоже брусками. Тут надо учесть следующее. Если вы воздвигаете крышу без особого четкого проекта — тут подводных камней я не вижу. Другое дело, если вы следуете четким проектным размерам. В случае использования дополнительной, непредусмотренной проектом обрешетки, у вас в доме крыша поднимется примерно на 4-5 см. И тут могут проявится возможные нестыковки.