Как заменить нижний венец деревянного дома или вставить дополнительный венец?

Ваш вариант называется дом «с прирубом». Извините, работала экскурсоводом в музее деревянного зодчества. Сразу вспомнилось название.
В старых избах все пропорции были результатом многовекового опыта деревянного строительства. Кажется, такие мелочи, а высокий порог защищал от холодного уличного воздуха, низкая дверь не позволяла теплому воздуху покинуть жилое помещение. Окно всегда было напротив топки русской печи, чтобы первые лучи солнца помогали хозяйке ранним утром ее топить. И таких моментов очень много. Высота потолка позволяла быстро натопить помещение. Обычно зимница и летняя светелка по высоте потолка отличались.
Скорее всего в вашем варианте единственным способом увеличить высоту потолка будут работы по переделке пола. Чтобы опустить пол нужно знать, как он устроен. Врезаны лаги в сруб или пол автономен. С последним вариантом я столкнулась, когда мы купили дом в Костромской области. Здесь пол автономен от сруба, лаги опираются на столбики-сваи в подполье  и его не сложно поднять, опустить, утеплить и т.д. Но, при автономном фундаменте под печкой, что должно быть, ее опустить будет намного сложнее. Или она будет на пьедестале при опущенных полах.
Про замену венцов ничего не скажу, процесс видела, но не участвовала))) 

Ирина большое спасибо за интересный отклик!