Не поздно ли пересаживать саженцы вишни и кизила?

Не поздно. Даже наоборот, сейчас самое благоприятное время для посадок. Корни будут расти до глубокой осени. А при благоприятных условиях могут и зимой. Конечно, не такими темпами как летом.
Ориентируемся на температуру почвы, а не воздуха.
«Осенью корни растений могут активно расти при температуре почвы от +5 до +8 °C.
Корневая система продолжает расти, даже когда растение полностью сбросило листья, и растёт до того момента, пока температура почвы не опустится ниже +3…+5 градусов.»

Такие же перепады температуры. Теоретически пересаживать можно хоть круглогодично, только вопрос приживаемости. Я пересаживаю (много лет0 при опадении листвы осенью и при оттаявшей почве весной. Конечно, когда плюс 20 и полная листва — рано и рискованно (у нас ещё и сухо). Начиная с десяти градус и до заморозков --наверное оптимально..(т.е. как раз сейчас) Вот вечный вопрос (ждём экспертов) до какой степени должны пожелтеть опасть листья? То же и с обрезкой.