Подскажите, пожалуйста, стоит ли сейчас обрезать саженец сакуры?

Я бы ничего не трогала, дала бы саженцу спокойно прижиться на новом месте и подготовиться к зиме. Судя по фото, там и обрезать-то еще особо нечего. Вообще, с учетом наших непредсказуемых зим, обычно осенью обрезаю только заведомо нежизнеспособные ветки, остальное — весной: никогда не угадаешь, как растение перезимует на этот раз. Вы не уточнили, в каком регионе расположен Ваш сад, но в последние годы, по-моему, нигде климат не может похвастаться стабильностью. Поэтому мой совет — подождать весны.

Полностью поддерживаю уважаемую Марину. Полный и грамотный ответ: пусть саженец приживается и готовится к зимовке. Как-то так. Удачи.

В таком состоянии стрессовать растение и обрезать его, точно не стоит.