Если у древовидного пиона корни над землей, нужно ли его перекапывать и углублять?

«Перекапывать и углублять» — это же довольно серьезные травмы. Я бы сделал невысокую насыпь полметра радиусом и высотой по корневую шейку.
Но вообще-то у пионов с этим есть какие-то хитрости.

Можно подсыпать земли. А можно выкопать и разделить на несколько частей. Но это в августе!

Пион пора делить, у него центральная часть корневища уже стала трухлявой, когда вы его будете доставать он сам развалится минимум на две части, но это делают осенью, по холоду, перекопать его не удастся, корни слишком мощные, приготовьтесь извлекать его ломом и топором. Землю под пионами подрыхляют когда только появляются почки из земли, чтобы внести минеральные удобрения, cуперфосфат или комплексное, у вас уже поздно, поэтому только подсыпать земли, поверх земли мульчировать можно для красоты и чтобы сорняки не росли.