На коре яблони появляются мелкие трещины, затем под трещинами кора превращается в рыжее мочало и отмирает. Как лечить?

Оооо… Это обычное дело повсеместно везде. Яблони, привитые на пресловутые полукарликовые подвои, типа 54-118 и аналогичные по хар-кам, недолговечные априори. Морозобоины, подпревание, подмерзание, где-то срезали веток в одном месте много (факторов много) — и уже у 10-летних деревьев такое — не редкость… Но обычно это начинается позже, лет 15 когда деревьям. Кора отмирает, чернеет, появляются грибки… Такие дела.
Да: почти 100% всех яблонь именно на таких подвоях. Их легко получать, легко укоренять, легко выкапывать, пересаживать. Я брал такие у ППМ по 5-12 р. (1-3-й сорт, в зависимости от толщины).
По итогу одно и то же везде — и сорта, и подвои, и проблемы из-за этих самых подвоев.