У клена покрыты листьями только три нижние ветки, ствол без признаков жизни. Что с ним делать?

Я бы спилила лысый ствол. Подкормила бы и потом сформировала клен так, как мне надо.

Конечно удалять. Кленам в Архангельской области некомфортно, вон и замещающие ветки на концах обмерзают.
Формируйте в невысокое раскидистое деревце на низком штамбе.
И утешьтесь, не одни Вы так промахиваетесь. Мы вот сдуру купили конский каштан красный, почему-то подумалось, что это кустарниковый вид( читал, что у низкорослых красные цветы). Но при внимательном анализе выяснилось, что это вполне полноразмерный вид, только ещё более теплолюбивый, чем к.к. обыкновенный, он и в Казахстане не каждый год цветет.

Ну и обмерзая каждый год по уровень снега, он тем не менее жив и весел, трансформировавшись в густой декоративнолиственный шар чуть более метра высотой.

Мы опиливали старый клен от места разветвления кардинально, пошли новые молодые ветки. Согласна со Светланой, спилить лысый ствол, а молодые ветки укоротить. Все будет хорошо.

Я уже несколько лет формирую такое деревце из ясеня ежегодной обрезкой. Из клена, мне кажется, будет еще интересней смотреться, он будет более «кудрявый» Если, конечно, не помешает ваш северный климат… Но попробовать можно.
Деревце из ясеня