В чем может быть причина деформации плода томата?

Парочка таких плодов тоже попалась, думаю, с удобрениями чутка переборщил.

Регуляторами роста, типа цветень завязь, гиббереллин не обрабатывали?

По моему скромному мнению не надо. Лучше растения просто повибрировать. Как то так. Удачи.

Это называется вторичный рост плода. Видите, из ваших томатов как будто вылупляются новые. «Провокационный фон появления и нарастания количества плодов с вторичным ростом – увеличение поливной нормы, снижение концентрации питательного раствора, увеличение густоты стояния растений, повышение дозы азота в питании. В пленочных теплицах чаще, чем в остекленных, применяют обработку цветков регуляторами роста для того, чтобы улучшить завязываемость плодов. Это тоже способствует увеличению количества плодов со вторичным ростом. Обработка регуляторами роста проводится не менее 2 раз в неделю, причем часто не соблюдается концентрация применяемого для этой цели раствора. Все это приводит к увеличению числа плодов с дефектами – бесформенных, со вторичным ростом и пустотелых. Плоды, выращенные с использованием регуляторов роста, быстрее размягчаются, хуже хранятся, плохо перевозятся» Источник

Это формирование вторичного плода