Можно ли заделать щели на дымоходе (который расположен на крыше) монтажной строительной пеной?

Виктор, где конкретно щель: в трубе или в месте стыковки дымохода с крышей? И Вы не написали какая труба — металлическая или кирпичная, но обычной монтажной строительной пеной заделывать однозначно — нельзя!!! Эксплуатационная температура монтажной пены — от -40 до +70, в некоторых случаях до + 90 градусов. Но есть специальные пены, некоторые выдерживают даже прямое воздействие огня (до трёх часов), такие как Makroflex FR77 и Penosil Premium Fire Rated. Термостойкая пена выдерживает температуру, но не выдержит открытый огонь, она просто выгорит, да и на подделку легко напороться.
Обычно для герметизации печных труб используют термостойкие герметики. Отличным материалом на сегодняшний день для решения этой проблемы является битумная лента для кровли, которая представляет собой гидроизоляционное самоклеющееся полотно, отличатся эластичностью и достаточной прочностью. Одним из компонентов является битум, но модифицированный (с добавлением в его состав полимеров и каучука). Есть лента Tytan и производитель допускает использование ее в герметизации дымоходов.
По собственному опыту скажу, что у меня на крыше используется этот материал для герметизации трубы камина, и пока претензий к нему нет.

Огромное спасибо за такой обширный и доступный ответ.
Приятно!