Можно ли в сентябре пересадить или чуть приподнять кедровую сосну до правильного уровня?

Не факт, что она именно заглублена. Мне думается, это так быстро не проявляется — обычно растения с заглубленной шейкой просто останавливаются в росте и гибнут не раньше. чем через год.
Применять вторую за год пересадку рискованно, это не смородина. В таких случаях делают следующее: мягкой веревкой или лентой обвязывают ствол у первой развилки и прикрепляют там короткий конец рычага(2-3 м), закрепленного на столбике. На длинный конец рычага вешают груз, чтоб устройство понемногу вытягивало дерево из грунта. Естественно, вес груза увеличивают постепенно и постоянно следят за конструкцией

Если заглубили шейку то откопайте. Хотя для деревьев это никак не влияет. Я когда привожу Камазы с торфом все деревья на метр заглублены. Там просто новые корни появляются и всё.

Я тоже думаю, что дело не в заглублении корневой шейки. Хорошо бы увидеть фото. Это у вашей сосны еще идет 1-й год посадки. Несмотря на ее засухоустойчивость, в 1-й год посадки необходим регулярный полив. Может вашей сосне просто не хватило воды? Я бы не стала ее дергать — это очередной стресс для растения. С весны следующего года до начала роста новых побегов подкормите ее специализированным удобрением для хвойных и делайте так в течении первых 10 лет после посадки. Еще смотрите вот этот материал на сайте: 4 ошибки при посадке хвойных растений