Почему вылезли гвозди по краю крыши?

Вы не ошиблись, указав длину в см? Может мм? Если действительно 3-5 см, то считайте, что гвозди вообще не держат и при ближайшей непогоде листы ондулина может сорвать с крыши.
А произойти такое могло из-за того, что или гвозди не были добиты до плотного прижатия к ондулину, или забиты были не в гребень, а в желоб. Может и другая причина, но без фото гадать можно долго. В результате вода по гвоздю протекала к дереву, оно подгнило в этом месте и гвоздь перестал держаться.

Всем привет! Мне очень по душе пришлось объяснение ситуации, которую предложил уважаемый Александр. А именно то, что гвозди были забиты в желоб, тем самым сделав отверстие в кровельном материале и организовав сток туда воды, текущей по желобу.
Нужные действия — гвозди извлекаете, отверстия затираете герметиком, гвозди заново забиваете в гребень волны.