Гранат гниет. Что делать?

Болезней гнили плодов граната предостаточно. Желательно прикладывать и фото листьев и веток растения, для точного определения. Обработка от болезней производится в течении всего вегетативного периода фунгицидами (Хорус, Топаз, Абига-пик и т. д).
Для начала осмотрите гранат на наличие других пятнистостей на всем растении, а также снимите заражённые плоды, и к сожалению, их придётся утилизировать, так как они являются разносчиками спор патогенных грибов.
Вот некоторые болезни плодов граната:
Альтернариозная плодовая гниль (возбудитель гриб Alternaria alternata).
Плодовая гниль (… Colletotrichum spp.)
Фитофтороз побегов и язвенная болезнь гранатов (… Pilidiella granati, патоген вызывает плодовую гниль).
Зитозная плодовая гниль (… Zythia versoniana).

Окрашенные плоды снимать и на переработку, например, гранатового сока. Странно, что у вас они гниют. У нас очень сухо. Гнили на гранатах не видно, а вот инжир «бродит» прямо на деревьях, особенно в полутенистых местах. Если активно поливали, то сократите полив, заменяйте его периодически на рыхление.