На плодах образуются пятна уже после сбора. Чем болеет яблоня?

Вы их где то храните? это происходит через какое то время или очень скоро?

Вот что я нашла
Мокрый низкотемпературный ожог. На кожице появляются резко очерченные коричневатые пятна, мякоть под ними слегка повреждена. Похожая проблема – низкотемпературный распад плодов, когда темные пятна сначала появляются на мякоти и постепенно распространяются так, что остается только тонкий слой здоровой ткани под кожицей. Яблоки с признаками ожога и распада легко загнивают. Причиной ожога бывают слишком низкая температура и высокая влажность в хранилище или несоблюдение сроков сбора, а низкотемпературному распаду плодов часто подвержены яблоки, собранные с сильно обрезанных молодых деревьев.
Почитайте здесь.

Вроде похоже на горькую ямчатость. Не хватает растению кальция, а также плохие условия хранения. А собираете нежно? А семечки зрелые?

Может сорт ранний и совсем не хранится?