Вариант 1: выкопать, сделать яму поглубже, подсыпать хорошей земли, посадить.
Вариант 2: яблони тоже в принципе дают боковые корни. Насколько глубже пасажены деревья? Если сантиметров 5-10 — не трагично, можно землю от ствола отгрести. Возле дерева поставить по ящику без крышки и дна, насыпать туда огородный мусор вперемешку с навозом и посадить по огурцу. То, что начальная ямка была мала — корни вероятно сами эту проблему уже решили — не сидят же они в этом манежике для младенцев! Просто посадив огурец, его обязательно будут поливать. Куда будет уходить лишняя вода с удобрениями из навоза? — Правильно — в корни дерева.

Если саженцы не растут, то они остались в состоянии саженцев. Пересадить их просто по весне правильно, и всё.

Но часто ситуация бывает сложнее. И я её часто наблюдаю. Продают саженцы южных, не районированных сортов. Вот и находятся они в нашем холодном климате на грани выживания. Не растут, а потом тихонько вымерзают в суровую зиму. Удачи.

Василий, видимо, яблони нашего климата. Если бы южные, за 3 года они бы уже (хотя бы не вызревшая верхушка) вымерзли бы. Это один вывод.
Далее, User_99, Раз они не растут, я посоветовал бы нынче весной решительно пересадить правильно. Даже по Вашему краткому описанию чувствуется, что тут полумерами не обойтись. Пересаживать надо до раскрытия почек, пока яблоня спит. Я не знаю, где Ваша яблоня «сидит». Но сажать надо, чтобы между ними было не менее 4 метров, а от забора не менее 3 метров. Попробую посоветовать, как посадить правильно.
Посадка в саду плодовых деревьев
В саду высокорослые деревья при неправильном выборе места посадки могут затенять низкорослые деревья и кустарники. Поэтому для них более подходящим будет участок, прилегающий к северной и северо-западной границе сада.
Для посадки копают посадочные ямы глубиной до 60 см и в диаметре до 1,0 метра. Перед посадкой на дно ямы забивают крепкий, желательно дубовый, кол высотой до 1,5 метра. Почву, вынутую из посадочной ямы перемешивают 2-3 ведрами перегноя с добавлением 60-80 г суперфосфата и 40-60 г сульфата калия. Излишнее количество минеральных удобрений нежелательно — они будут угнетать корневую систему молодого саженца. В случае если почвы глинистые, то в зависимости от вязкости в почву следует добавить 1,5-2,5 ведра песка.
Перед посадкой саженцы осматривают. До здоровой части удаляют поврежденные при грубой выкопке концы корней. Непосредственно посадку лучше вести вдвоем. Помощник берет саженец и, расправив корни, держит его с северной стороны кола строго вертикально так, чтобы корни лишь касались дна ямы. Но при этом важно, чтобы корневая шейка саженца оказалась на 4-5 см выше (!) уровня земли. Второй, осторожно подсыпает почву, время от времени расправляет корни, направляя их в разные стороны, и руками слабо уплотняет почву в яме. После окончания посадки саженец поливают 3-4 ведрами воды. Вода в яме впитывается и одновременно происходит усадка почвы вместе с саженцем. Если при поливе саженец начнет сильно углубляться с почвой, саженец надо будет придержать, не давая углубляться. Пусть оседает только почва. После усадки корневая шейка саженца должна оказаться на уровне, или на 2-3 см ниже поверхности земли. Более глубокая посадка недопустима, так как будет сопревать кора саженца, что в дальнейшем может привести к угнетению дерева, плохому росту, а в дальнейшем, плохому плодоношению, если заглублена сильно, то даже к его гибели. Как показывают мои наблюдения в любительских садах, заглубленная посадка — наиболее часто встречающаяся ошибка начинающих садоводов при посадке деревьев.
Вокруг саженца в 40-50 см от штамба делают кольцевой земляной валик для удобства полива и мульчируют мелким перегноем или компостными крошками с добавлением небольшого количества золы. Саженец к колу привязывают мягким шпагатом, проверяют, чтобы шпагат не был туго стянут вокруг стволика, и чтобы он не врезался в кору по мере утолщения ствола. Теперь еще раз осматривают крону, если требуется, производят обрезку ветвей. При посадке однолетнего саженца, как правило, послепосадочной обрезки не требуется, так как он обычно имеет только стволик. После окончания посадки, к стволику прикрепляют этикетку с названием сорта и года посадки. При посадке с северной стороны кола, тень от кола в первые годы посадки будет затенять стволик саженца весной от солнечных ожогов. Вашему саженцу уже три года, возможно крону придется немного привести в порядок, способами показанными на рисунках.

а) не правильно — глубокая посадка; б) не правильно мелкая посадка, корни наружу; в) правильная посадка.


обрезка двух-трехлетнего саженца после посадки.


Пригибание к горизонтали круто растущей ветки.


Поворот ветки с густо растущего места к пустующему месту. (вид сверху.)

Проще посадить новые, молодые, чем с ослабленными возиться, так мне в молодости в такой ситуации старики советовали.

А почему Вы считаете, что они ослабленные? Наоборот, закаленные и частично адаптированные.

Может дело в плохой совместимости подвоя и привоя, а вообще на каждый мм толщины штамба яблони идет дополнительное увеличение урожая до 1,5 раз, причем в 20 летней
перспективе.

Эти саженцы закалились, адаптировались к климату. И физиологически прожили несколько лет. И на несколько лет приблизились к возрасту плодоношения. И пересадка сократит возраст вступления в плодоношение. Если попадут в нормальные условия — все будет хорошо, и даже раннее плодоношение. Лишь бы были районированные. Как-то родственник посадил яблоню раннего сорта под водосток бани. И дерево встало в этом болоте. По моему совету пересадил. И через год уже ел первые яблочки. И дерево роскошное выросло на новом месте. Пишу о том, что видел. Такое правило агронома.
А Ваш девиз про замену ослабленного на новое применим к рассаде огурца. Удачи.

Прежде чем начинать работы по пересадке «заглубленных» саженцев, неплохо бы определить насколько их «заглубленность» соответствует действительности.
Проще говоря, надо откопать до корневой шейки. Если действительно она закопана более чем на 5 см, то есть смысл что-то предпринимать.
На глинистой почве, поддающейся размачиванию до состояния грязи можно просто весной подтянуть деревца к поверхности при помощи рычага с грузом. Предварительно нужно дождаться полного оттаивания почвы на глубину залегания корней и хорошенько пролить приствольный круг, сделав в нем небольшие отверстия глубиной 50-60 см по периферии кроны.
Установить возле дерева прочную опору (например пару керамзито-бетонных кирпичей). Прикрепить 1 конец длинного рычага (труба, прочный брусок) жгутом из ткани к основанию саженца, на другой конец повесить груз с таким расчетом, что когда он коснется земли, саженец приподнимется до нужного уровня, и ждать.

Однако, насколько я знаю, в Питере встречаются места, где основу почвы составляет торф, и кислотность ее далека от идеала. Возможно также и наличие грунтовых вод близко к поверхности. Так что деревца вполне могут быть угнетены неблагополучным состоянием почвы.
Проверить кислотность даже проще, чем откопать стволик до корневой шейки. А уровень грунтовых вод подскажет вам ближайший колодец.

На глине вполне реально приподнять на несколько сантиметров.

А у соседей нормально плодовые растут?

Да, насчет соседей надо поинтересоваться. Ленобласть Ленобласти большая разница. Граница САТ для яблони, в аккурат по югу Ленобласти проходит. Всё что северней — большой вопрос. 60 градусов северной широты — это испытание. Конечно, народ и в Архангельской области яблоки получает, но совсем не так, что посадил и забыл, а очень даже через большое терпение и труд.