Если в процессе стратификации семена дерева проросли слишком рано, какими должны быть мои действия?

Олег, при стратификации бывает и такое, на улице снег, а семена наклюнулись. Тогда одно, как только они наклюнулись, не дожидаясь перерастания посадить в рассадный ящик, а как весной срок наступит посадить там, где запланировано.

Олег, проходила подобное неоднократно — прорастали раньше срока грецкие орехи, клены, дубы, яблони. Высаживала и под лампу, и на подоконник. Во всех случаях сеянцы вытягивались сильнее, нежели развивались бы в естественных условиях. Лето, конечно, многое поправляло и они нормально уходили в зиму, и просыпались следующей весной.
В прошлом году очень рано проклюнулись желуди канадского дуба — в середине ноября (были заложены в 20-х числах октября). Ради интереса часть из них посадила на подоконник, другую часть определила в более холодный холодильник на +1, где они спокойно переждали до июня. Те, которые зимовали на подоконнике (примерно с ноября), в принципе, выжили, но хорошо им точно не было. На месяц-полтора (декабрь-январь) они впали «в спячку», часть листьев опала, затем продолжили расти, дождались высадки в грунт. Но, пророщенные желуди из холодильника, хоть и меньше по росту, но намного крепче выглядят и чувствуют себя хорошо.
Лучше, все-таки, не торопиться с закладкой на стратификацию. Для всех видов деревьев есть свои сроки и особенности проведения стратификации. Семенам некоторых деревьев перед холодом нужен достаточно длительный период влажного тепла (липа, например) — имитация дождливой осени, иначе они не прорастут.