Какого-то категорического абсолютного запрета на применение ламината по водяному теплому полу мне не известно. Надо понимать, что суть прибора, отдающего в окружающее пространство тепло, передать его как можно эффективнее, без каких-либо препятствий. Поэтому теплый пол отлично использовать тонкую напольную плитку, которая обладает хорошей, просто отличной теплопроводностью. Так как ламинат изготавливается из прессованного оргалита, то теплопроводность его довольно низкая, он служит теплоизолятором. Да еще теплоизолирующая подложка. Таким образом, уложив качественный теплоизолятор на пол, вы получите в конце концов пониженную теплоотдачу от теплого пола. Соответственно, чем тоньше будут ламинатные доски, тем более эффективным будет отопление.
Дополнительно сообщаю, что предусмотрен специальный знак для ламината, предназначенного для использования с теплым полом. Я его под текстом расположил.
И еще один сугубо эксплуатационный момент. Из разряда чрезвычайных. Если где-то теплый пол «прорвет» и вода зальет пол, то у ламината есть такая неприятная особенность, что при длительном (до часа) контакте с водой его боковины впитывают влагу, распухают и уже никогда не вернется их безупречная геометрическая ровность. То есть он просто — распухнет.
Сейчас попытался на собственной кухне «щелкнуть» такую деформацию — результат неопытности почти двадцатилетней давности. На фотографии стоит смотреть на горизонтальную полоску распухшего ламината.
Разумеется, такого дефекта у напольной керамической плитки нет априори. Но она может расколоться при падении на нее тяжелого предмета.
Есть и к вам вопрос: вода в системе теплого пола у вас ходит только по системе, или заходит и в котел?
Знак соответствия с теплым полом
Ламинат деформированный
Глупый вопрос: а на плитку можно натягивать покрытие вроде ковролина? 
У меня обычный ламинат лежит на ИК-пленке и ничего(очень даже ничего).