Почему на внутренней стороне листа томата бугорки? Чего не хватает рассаде?

Бугорки — это лопнувшие водяные пузырьки. Явление называется оэдема. Необходимо сократить поливы и количество даваемой воды. Также, желательно сделать проколы снизу и приспустить борта у пакета с грунтом, чтобы улучшить циркуляцию воздуха в корневой и прикорневой зоне. Все повреждения на листьях — это следствие высокой влажности грунта и воздуха при недостатке освещения.

Да, это из-за перелива.

Ваша рассада ничем не болеет. Она чахнет.
Ей мокро и тесно.
По хорошему бы их рассадить все по отдельным стаканам. Это самый лучший выход. Ну, если нет, так нет.
Тогда Определитесь сколько штук «итого» вам нужно высадить на постоянное место. Всё лишнее ликвидируйте, чтобы хоть как-то убрать загущение.
Вот на втором фото видно, что рядом с сильным томатом сидит слабый. Чем дальше они будут сидеть в одном мешке, тем больше его будет душить сильный. Уберите задохлика. Толку из него в этом мешке не будет, а так появится больше пространства у других.Не выдергивайте, а то повредите корни у остальных. Срежьте ножницами у самой земли.
Дальше обязательно продырявьте мешок. Можно не только на дне, но и по бокам понизу. Так вся лишняя влага испариться быстрее.
После того, как сделаете выбраковку слабаков и продырявите пакет, досыпьте в мешок земли. Можно даже ещё немного развернуть края мешка, сделав его повыше. Засыпайте смело не бойтесь. Томаты можно заглублять очень сильно.
От такой процедуры двойная польза.
Первое — От сильной переувлажненности грунта они, скорее всего, потеряли часть корней. А так по всему стволу, что будет под землей, они дадут дополнительные корни.
Второе. Новый, сухой грунт оттянет влагу на себя и внизу будет посуше.
Не поливайте некоторое время. Вот прямо неделю точно не поливайте.

Это оэдема, сначала засушили, потом перелили. Нужно все пикировать и следить за влажностью грунта.