Темные пятна на стволе 5-летней яблони. Как лечить?

Прежде всего надо удалить сучок, оставшийся после отрезания центрального побега. Именно он стал воротами для грибной и/или бактериальной инфекции. Сучок надо вырезать как можно ниже, обработать срез раствором Фитолавина или Ампицилина (от бактерий), через 2 -3 дня раствором медного купороса (от грибов) и затем закрыть срез садовым варом или закрасить масляной (именно масляной) краской. Можно место почернения обработать локально (кистью или тампоном) системным фунгицидом типа Скор или Ридомил-голд двойной концентрации.
Далее следить за развитием событий. Если кора начнет отмирать, то удалять и обрабатывать раны.