Можно заглубить перец до семядольных листьев?

Какой у вас уже бОльшенький перец, я такой никогда не рассаживала и не пикировала.
Но попробуйте сделать так — перед пересадкой хорошо пролейте перцы, тогда корешки будут меньше травмироваться при разделении.
После пересадки в отдельные стаканчики опять пролейте, можно добавить в воду «нв -100» или другой укоринитель.
Затем подсыпьте сухой почвой сверху и первое дни притеняйте от солнца.

Вот прямо по семядоли я бы не стала: рассада уже довольно крупная. Хотя перцы, развернувшие первую пару настоящих листьев, я спокойно заглубляла — росли как миленькие. Такие растения, как у Вас, я бы посадила в стаканчики немного глубже, чем они растут в общей емкости, но и только.
Вопреки распространенному мнению, перцы образуют придаточные корни (сама наблюдала ), поэтому заглублять их можно. Но! Во-первых, у перцев этот процесс идет медленнее и труднее, чем у томатов, которые укореняются на раз-два. А во-вторых, пока растение будет наращивать дополнительные корешки, может затормозиться рост надземной части, поэтому без особой нужды перцы все же сильно заглублять не стоит, имхо. Хуже не будет, но и польза сомнительная.
Вот разве что самый маленький перчик (на фото — на втором плане справа) я бы заглубила, чтобы окреп.

Поддержу уважаемых коллег. Подсемядольное колено уже очень большое. Да и при пикировке можно его повредить. И смысла нет — рассада перца все равно коренастая.
Как то так. Удачи.

Я свои практически всегда заглубляю. Всю норм.